Tu instinto es correcto. Ha recibido dos cosas de su CTO: a) un regalo, y la etiqueta convencional (por Miss Manners) pide que se agradezca a las personas que le dan regalos, y b) una comendación (la parte de “gracias”). Ya que se juntaron y necesitas reconocer el regalo de todos modos, puedes responder con algo como “gracias por el bono y el reconocimiento”. Especialmente cuando el reconocimiento viene de los niveles más altos de una organización, tienes todo que ganar y nada que perder al ser un destinatario cortés.
Ya que el CTO te envió un correo electrónico, debes responder en especie – en parte porque estás continuando el lugar que él eligió, y sobre todo porque es puntual. Hacerlo esperar varios días por tu respuesta podría hacerle pensar que no apreciaste el regalo. Si le hubiera enviado una carta por correo físico, entonces sería más complicado: responder en papel no está mal, pero si se trata de alguien con quien interactúas regularmente, por correo electrónico o cara a cara, podrías considerar valorar la prontitud por encima de la formalidad y el uso del correo electrónico. Es mejor que su respuesta llegue antes de su próximo encuentro con él, para evitar cualquier incomodidad (¿la recibió? ¿la apreció?).