No sé si esto se aplica a tu jefe, pero hay ocasiones en las que la gente dice “lo siento” cuando claramente no es necesario como una especie de forma pasivo-agresiva de expresar su desaprobación, como si dijeran “me has puesto en una posición en la que ahora me siento incómodo, y en realidad es culpa tuya, y voy a comunicarlo dando una disculpa innecesaria para hacerte sentir incómodo”.
Si este es el caso aquí (y puede muy bien no serlo) está diciendo realmente que no necesita ser consultado en esta ocasión. Puedes tomar la indirecta si quieres, pero él, por supuesto, está usando una forma poco clara y poco asertiva de decírtelo.