No es malo en sí, muchas empresas permiten a sus empleados imprimir sus cosas personales en la impresora, como billetes, etc. Cuando se va a la tesis de maestría, es de interés para la empresa tener un trabajador más cualificado, al menos normalmente. Los costes son, sinceramente, mínimos, por lo que no hay ninguna razón para que la empresa prohíba a los trabajadores imprimir material privado. Es muy raro que los trabajadores tengan tanto material para imprimir que genere costos significativos. A menudo se considera como una especie de beneficio.
Por supuesto, la empresa es libre de prohibirte hacerlo, y en ese caso, debes simplemente obedecer, sin importar si estás de acuerdo o no.
Si tienes cualquier duda al respecto, deberías preguntar a tu dirección si está bien o no.